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iTRAQ試劑包括3個部分:報告基團(report group)、平衡基團(balance group)和肽反應基團(amine-specific reactive group)。報告基團相對分子質量為113-121Da(無120),因此iTRAQ 試劑可同時標記8 組樣品。平衡基團相對分子質量為192-184Da(無185),使得八種iTRAQ試劑分子量均為305Da,保證標記的同一肽段m/z 相同。 肽反應基團將iTRAQ試劑與肽段上賴氨酸及N端氨基酸殘基相連,在其上報告基團通過平衡基團與反應基團相連,形成等量異位標簽。